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제1장 총칙
제1조(목적) 이 규칙은 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」 및 같은 법 시행령에서 위임된 사항과 그 시행에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.
제2조(회유성해양동물) 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」(이하 "법"이라 한다) 제2조제9호에서 "해양수산부령이 정하는 종"이란 별표 1에 따른 회유성해양동물을 말한다. <개정 2008.3.14, 2013.3.24>
제3조(해양포유동물) 법 제2조제10호에서 "해양수산부령이 정하는 종"이란 별표 2에 따른 해양포유동물을 말한다. <개정 2008.3.14, 2013.3.24>
제4조(해양보호생물) 법 제2조제11호에서 "해양수산부령이 정하는 종"이란 별표 3에 따른 해양보호생물을 말한다. <개정 2008.3.14, 2013.3.24, 2019.6.27>
제4조의2(해양생태계교란생물) 법 제2조제12호에서 "해양수산부령이 정하는 종"이란 별표 4에 따른 해양생태계교란생물을 말한다.
제5조(유해해양생물) 법 제2조제13호에서 "해양수산부령이 정하는 종"이란 별표 5에 따른 유해해양생물을 말한다. <개정 2008.3.14, 2013.3.24, 2017.9.29>
제6조(주변국가와의 공동대책을 위한 협력사업 등)
제2장 해양생태계보전ㆍ관리계획의 수립 및 조사
제6조의2(해양생태축의 설정 기준 등)
제7조(국가해양생태계종합조사의 계획에 포함되어야 할 사항) 영 제5조제4항에서 "해양수산부령으로 정하는 사항"이란 다음 각 호의 사항을 말한다. <개정 2008.3.14, 2013.3.24>
제8조(해양생태계의 정밀조사 및 보완조사)
제9조(해양생태조사원)
제10조(타인의 토지 등에의 출입 등) 법 제14조제4항에 따라 공유수면 또는 타인의 토지에 출입하려는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 출입권한을 표시하는 증표를 지니고 이를 관계인에게 내보여야 한다.
제3장 해양생물의 보호
제11조(회유성해양동물 등의 보호)
제11조의2(해양보호생물 등의 조사) 법 제16조의2제1항에 따른 해양보호생물, 회유성해양동물 및 해양포유동물의 서식실태 조사에 포함되어야 하는 내용은 다음 각 호와 같다.
제12조(서식지외보전기관의 지정절차)
제13조(서식지외보전기관의 운영)
제14조(해양동물전문구조ㆍ치료기관의 지정절차)
제15조(해양동물전문구조ㆍ치료비용의 지원)
제16조(해양보호생물의 포획ㆍ채취등의 허가절차)
제17조(인공 증식한 해양보호생물의 수출ㆍ수입등의 허가절차)
제18조(인공증식증명서의 발급신청)
제19조(해양보호생물의 포획ㆍ채취등이 허용되는 경우) 법 제20조제1항제6호에서 "해양수산부령이 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2008.3.14, 2013.3.24, 2019.6.27, 2021.12.7>
제20조(해양보호생물의 포획ㆍ채취등의 신고) 법 제20조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 허가를 받아 해양보호생물의 포획ㆍ채취등을 한 자는 법 제20조제4항에 따라 포획ㆍ채취등을 한 후 5일 이내에 별지 제9호서식 또는 별지 제11호서식에 따른 허가증에 포획ㆍ채취등을 한 개체수ㆍ장소ㆍ시간 및 방법 등을 기재하여 관할 시ㆍ도지사에게 신고하여야 한다. <개정 2008.3.14, 2012.10.16, 2019.6.27>
제21조(해양보호생물의 보관신고)
제21조의2(해양보호생물의 관찰 및 관광활동의 제한) 법 제22조제2항에 따른 해양보호생물의 관찰이나 관광 활동의 세부적인 기준 및 방법은 별표 6과 같다.
제22조(해양생태계교란생물의 수입ㆍ반입 허가 등)
제23조(유해해양생물의 관리) 법 제24조에 따른 유해해양생물의 관리에 대하여 필요한 사항은 해양수산부장관이 정하여 고시한다. <개정 2008.3.14, 2013.3.24>
제4장 해양보호구역의 지정ㆍ관리
제24조(해양보호구역의 표지)
제25조(해양보호구역의 지정절차 등) 해양수산부장관은 법 제26조제3항에 따라 해양보호구역을 지정ㆍ변경 또는 해제한 때에는 다음 각 호의 사항을 관보에 고시하여야 한다. 다만, 해양보호구역을 변경 또는 해제한 경우에는 제6호의 사항을 제외하고, 제7호부터 제9호까지의 사항은 바뀐 사항만을 고시하여야 한다. <개정 2008.3.14, 2013.3.24>
제26조(해양보호구역에서의 행위제한) 법 제27조제1항제1호에서 "해양수산부령이 정하는 해양생물"이란 보존가치가 있다고 인정하는 해양생물로서 해양수산부장관이 정하여 고시하는 해양생물을 말한다. <개정 2008.3.14, 2013.3.24>
제27조(행위등의 허가신청) 법 제27조제2항제4호에 따라 학술적 조사ㆍ연구를 목적으로 하는 행위 또는 관련 시설(이하 이 조에서 "행위등"이라 한다)에 대하여 허가를 받으려는 자는 별지 제18호서식에 따른 허가신청서에 다음 각 호의 사항이 포함된 서류를 첨부하여 관할 지방해양수산청장에게 제출하여야 한다. <개정 2008.3.14, 2015.1.8, 2018.2.1>
제28조(해양보호구역관리계획의 수립ㆍ변경 고시) 법 제28조제2항에 따른 해양보호구역관리계획의 수립ㆍ변경 고시는 다음 각 호의 사항을 관보 및 인터넷 홈페이지에 게재하는 방법으로 한다.
제5장 해양생물다양성의 보전
제29조 삭제 <2014.11.21>
제30조 삭제 <2014.11.21>
제31조 삭제 <2014.11.21>
제32조 삭제 <2014.11.21>
제33조(해양생물다양성 조사대행자 등)
제34조(해양생물다양성관리계약 청약서) 영 제20조제2항에 따른 청약서는 별지 제19호서식에 따른다.
제35조(해양생물의 수출ㆍ수입 등의 허가절차)
제6장 해양자산의 관리
제36조(해양생태계보전ㆍ이용시설의 설치계획) 법 제43조제2항에 따른 해양생태계보전ㆍ이용시설의 설치에 관한 계획에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.
제37조(시설의 이용료의 금액 및 면제 등)
제37조의2(국가해양생태공원의 지정) 해양수산부장관은 법 제43조의2제1항에 따라 국가해양생태공원을 지정한 때에는 같은 조 제3항에 따라 다음 각 호의 사항을 관계 중앙행정기관의 장 및 해당 지방자치단체의 장에게 통보하고 관보에 고시해야 한다.
제7장 보칙
제38조(해양생태계보전부담금의 부과ㆍ징수)
제39조(해양생태계보전부담금의 재산정 절차)
제40조(해양생태계보전부담금의 정산 절차)
제41조(해양생태계보전부담금의 반환신청 절차)
제42조(사업의 인ㆍ허가 등의 통보)
제43조(손실보상의 청구) 영 제32조제1항에 따른 손실보상청구서는 별지 제31호서식에 따른다.
제44조(재결신청서) 영 제33조에 따른 재결신청서는 별지 제32호서식에 따른다.
제45조(명예지도원증) 법 제57조제2항에 따른 해양생태계보전명예지도원의 신분을 확인할 수 있는 증명서는 별지 제33호서식에 따른다. <개정 2018.2.1>
제8장 삭제 <2018.2.1>
제46조 삭제 <2018.2.1>