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제1장 총칙
제1조(목적) 이 영은 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」에서 위임된 사항과 그 시행에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.
제2조(주요시책의 협의 등) 「해양생태계의 보전 및 관리에 관한 법률」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 본문에 따라 중앙행정기관의 장이 해양수산부장관과 협의하여야 하는 해양생태계의 보전 및 관리와 직접적인 관계가 있는 주요시책 또는 계획은 다음 각 호와 같다. <개정 2007.8.17, 2007.9.10, 2008.2.29, 2010.12.29, 2013.3.23, 2014.11.21, 2024.5.7>
제3조(해양생태계정보체계의 구축ㆍ운영)
제2장 해양생태계보전ㆍ관리계획의 수립 및 조사
제4조(해양생태계보전ㆍ관리기본계획의 내용 등)
제5조(국가해양생태계종합조사의 내용 및 방법 등)
제6조(해양생태도 1등급 권역 및 별도관리지역)
제7조(해양생태도 작성을 위한 자료 요청 등)
제3장 해양생물의 보호
제8조(서식지외보전기관) 법 제17조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 기관"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관 중에서 해양수산부장관이 정하여 고시하는 기관을 말한다. <개정 2008.2.29, 2011.6.24, 2013.3.23, 2026.1.27>
제9조(해양보호생물의 보전대책 등)
제10조(해양보호생물의 포획ㆍ채취 등 금지)
제4장 해양보호구역의 지정ㆍ관리
제11조(해양보호구역의 지정ㆍ관리 등)
제12조(해양보호구역에서의 행위제한 등)
제12조의2(해양보호구역관리계획의 경미한 변경) 법 제28조제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경할 때"란 다음 각 호의 경우를 말한다.
제13조(해양생태계의 보전 및 관리를 위한 토지 등의 확보)
제14조(해양보호구역 주민의 지원 등)
제15조(시ㆍ도해양보호구역의 지정ㆍ관리) 시ㆍ도지사가 법 제36조제2항에 따라 시ㆍ도해양보호구역을 지정하거나 지정을 변경 또는 해제하려는 경우에는 다음 각 호의 절차를 거쳐야 한다. <개정 2008.2.29, 2015.1.6>
제5장 해양생물다양성의 보전
제16조 삭제 <2008.10.20>
제17조(해양생물다양성 보전대책의 수립 등) 법 제38조제1항제6호에서 "대통령령이 정하는 사항"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
제18조(해양생물다양성 조사의 대상 및 방법 등)
제19조(해양생물자원관의 설치ㆍ운영 등)
제20조(해양생물다양성관리계약의 체결 등)
제21조(해양생물다양성관리계약에 따른 실비보상)
제6장 해양자산의 관리
제21조의2(국가해양생태공원의 지정)
제22조(바닷가휴식지의 지정ㆍ관리)
제23조(해양생태계의 복원) 해양수산부장관은 법 제46조제2항제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역에 대하여 해양생태계의 보전 및 관리대책을 마련하여 추진할 수 있다. <개정 2008.1.11, 2008.2.29, 2013.3.23>
제24조(공유수면에서의 해양생태계의 훼손방지)
제7장 보칙
제25조(해양생태계보전부담금)
제26조(해양생태계보전부담금의 부과ㆍ징수)
제27조(해양생태계보전부담금의 재산정)
제28조(해양생태계보전부담금의 정산)
제29조(해양생태계보전부담금 교부금의 용도) 법 제49조제7항에서 "대통령령으로 정하는 해양생태계의 보전 및 관리를 위한 사업"이란 법 제49조의2제1호 및 제6호부터 제8호까지의 사업을 말한다. <개정 2019.6.11>
제30조(해양생태계보전부담금의 반환 등)
제30조의2(해양생태계보전부담금의 용도) 법 제49조의2제8호에서 "대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 사업을 말한다.
제31조(관계기관의 협조) 법 제52조제1항 전단에서 "대통령령이 정하는 사항"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항을 말한다. <개정 2008.2.29, 2010.12.29, 2013.3.23, 2019.6.11, 2024.5.7>
제32조(손실보상의 청구)
제33조(손실보상 재결신청) 법 제53조제3항에 따라 손실보상의 재결을 신청하려는 자는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 사항을 기재한 재결신청서를 관할 토지수용위원회에 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2013.3.23>
제34조 삭제 <2014.11.21>
제35조(권한의 위임)
제35조의2(업무의 위탁)
제8장 벌칙
제36조(과태료의 부과기준) 법 제65조제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 과태료의 부과기준은 별표 2와 같다.